ФНС неверно разнесла платеж. Прошло более 3-х лет. Требуют уплаты

Здравствуйте!
Наша компания в 2013 году заплатила НДС в качестве агента. В 2014 году менятся местонахождение компании и, соответственно, налоговая инспекция, где компания стоит на учете. В 2016 году мы подаем уточненку по НДС за этот период уже в новую налоговую. Новая налоговая присылает требование об уплате НДСв качестве агента по декларации за 2013 год. Выяснили, что прежняя налоговая неверно разнесла платеж: КБК одинаковый, но деньги попали не на агентский, а на обычный статус. В ответ на требование в сентябре 2016г. наша компания направила письмо и приложили платежное поручение, где видно, что мы правильно заплатили. Налоговая ответила, что изменить платеж не представляется возможным. В январе 2017 года выносят акт о взыскании через приставов. Мы об этом узнали только сейчас, т.к. никаких писем от налоговиков не получали ни почтой, ни через контур., никто не звонил. Что делать в такой ситуации? Есть ли смысл писать в вышестоящий налоговый орган, оспаривать действия налогового органа? В прокуратуру? В суд? Есть ли какой то порядок при обжаловании подобных ситуаций? Возможно ли по формальному признаку пока оспорить?

Конечно стоит - зачем дважды оплачивать. Пускай налоговая доказывает, что правомерно и акты высылала.