Вопрос о правомерности требований

Добрый день!
Являюсь ИП на патентной системе налогообложения. Ситуация следующая. В начале 2016го года не смог получить патент из-за ошибки в оформлении заявления, из-за чего патент начал действовать только с марта 2016 года. За период январь-март 2016 на р/с были поступления в зачет оплаты оказанных мной услуг в 2015 году, когда я был на патенте. Сейчас налоговая присылает требования уплаты налога по упрощенке (у меня изначально при регистрации ИП сделана упрщенка 6%) за этот период (январь-февраль 2016 года). Декларацию по упрощенке за этот период сдавал с нулевыми показателями. Правомерно ли это? Ведь оплата приходила за услуги, которые были выполнены в период действия патента

В связи с этим, подскажите пожалуйста, учет доходов по упрощенке ведется кассовым методом или по актам выполенных работ...