БСО, онлайн ККТ медицинские услуги населению

Добрый день, уважаемые клерки!
ООО, УСН 15%, услуги МРТ-диагностики. Приняла дела неделю как и схватилась за голову, не могу по полочкам разложить, что делать.
В фирме две обособки, в одной только БСО, кассу с ЭКЛЗ налоговая сама сняла с учета, в другой есть POS терминал не интегрированный в онлайн ККТ и, собственно, онлайн ККТ.
В отделении с ККТ администраторы не пробивали с момента открытия (середина августа) чеки при оплате картами, пару раз из-за сбоев оборудования чеки вообще не пробивались, клиентам выдавали БСО.
Вопросы:
1) Можно ли в одной организации применять в одном подразделении БСО, а в другом - ККТ? В принципе, т.к. у нас услуги населению, мы попадаем в льготный период до 01.07.2018 г.
2)Что сделать с невыбитыми чеками на оплаты с терминала? Варианты: выписать БСО, выбить чеки в онлайн ККТ сегодняшним числом, например, забить на это вообще?
3) У кого-нибудь когда-нибудь проверяли правильность использования и хранения БСО? У нас в обоих подразделениях полный бардак, не знаю с чего начать приведение в порядок. Иногда выписывали, иногда нет, часть БСО потерялась, нашу часть квитанций просто выкидывали, как я поняла. Выручка при этом вся белая, идет полностью с реестром медицинских договоров.
4) Что вы делаете, если вдруг сбоит ККТ? Неужели закрываетесь и не ведете деятельность? Как прикрывать получение денег с клиентов в этом случае?
Уважаемые коллеги, поделитесь опытом, пожалуйста. У меня нет опыта работы с розницей, чувствую, надо начинать с инструкций для администраторов...