В полученной с-фактуре не указан № ГТД, возмещение НДС

Добрый день. Купили дорогостоящее оборудование - основное средство (импортного производства) у Российского поставщика. Поставщик в счет-фактуре не указал номер ГТД, мы не обратили на это внимание. Заявили НДС к вычету в 3 квартале, сумма получилась большая. Налоговая вызвала для дачи пояснений по заявленному возмещению и составленном протоколе указала, что в этой сф нет номера ГТД. На днях еще приедут осматривать оборудование. Желания возмещать у них нет, цепляются за все (пока на словах). Звоню своему поставщику узнать по какой причине не указали ГТД. Ответили, что программа автоматически не проставляет ГТД ( в ручную видимо не хотят проставлять). На встречку ответили такой-же сф без ГТД. Почитала, что много судебной практике в пользу налогоплательщика при возмещении НДС, если нет ГТД в сф. Хочется подстраховаться, может у поставщика запросить какое-нибудь письмо с объяснением, почему не указали номер ГТД? или это письмо ничего не значит?

Не значит. И отсутствие номера ГТД не лишает вас вычета по этому с/ф. Стращать могут как угодно, но вынести это в акт, заранее зная, что вы обжалуете, сильно вряд ли.

Тоня, спасибо за ответ.