Налоговый вычет при выходе участника из ООО и выплате действительной стоимости доли

Здравствуйте! Прошу подсказать, посоветовать, как можно (и правомерно ли) воспользоваться правом на имущественный вычет при расчете НДФЛ с выплаты действительной стоимости доли выходящему из ООО участнику.
В 2018 г я вышла из ООО, долю выплатили имуществом. Следовательно НДФЛ удержать было невозможно. В 2-НДФЛ налог исчислен без применения каких-либо вычетов.
В 2019 г в налоговую мной была предоставлена декларация 3-НДФЛ, в которой указан вычет 250 тыс.руб (при отсутствии документального подтверждения расходов на приобретение доли). Соответственно НДФЛ по декларации был исчислен меньше,чем в справке 2-НДФЛ.
Налоговая декларацию приняла, вычет подтвердила (в личном кабинете). Но прислала налоговое уведомление, где сумма НДФЛ взята из 2-НДФЛ, т.е. без вычета.
На все вопросы и обращения, как скорректировать сумму налога к уплате, ФНС отправляет к налоговому агенту - ООО, чтобы он подал уточненную 2-НДФЛ, отобразив в ней вычет. Ссылается на то, что камеральная проверка 3-НДФЛ завершена, и поэтому со стороны налоговой никаких корректив внести нереально.
ООО не в восторге от этой идеи, т.к. ссылается на письма Минфина, в которых последнее мнение - выплата участнику стоимости его доли это не реализация, и вычет не может быть применен (письмо от 10.11.2016 №03-04-05/65811). Требований официальных от налоговой не было. Да и не может ООО располагать сведениями о том, какие вычеты я еще могла бы задекларировать.
Я согласна уплатить и полную сумму налога, если вычет здесь не может быть применен. Как поступить в этой ситуации? Кто должен подтвердить правомерность применения имущественного вычета? Какие действия предпринять?
Спасибо всем, кто подскажет и поможет!