транспортные расходы при упрощен.

Подскажите пожалуйста, если в товарной накладной отельной строкой указана сумма за доставку товара можно ее вкючить в стоимость товара?

К сожалению, нет. В расходы тоже включить нельзя.

а если есть акт выполненных работ по доставке груза, и в таком случае будет нельзя принимать в расходы?

Без разницы как оформлена доставка, в НК перечень расходов закрытый.
Если в договоре определена цена, включая доставку, то вправе потребовать переделать накладную в соответсвии с договором. Тогда всё будет включено в цену товара.