Как быть?

Нужно ли заполнять расчет авансовых платежей в ПФ, если директору зарплата не начисляется и не начислялась, т.к. в фирме было еще деятельности?

1. Да, нужно.
2. Отсутствие з/п не есть хорошо, если фирма действующая.

Конечно нужно!

фирма недействующая, зарегистрировали только 1 месяц назад

Все равно... труд хоть и минимальный есть, а он должен оплачиваться.

может в отпуск за свой счет отправить директора?

Можно.