Закрывающие документы, счет фактура по договору подряда, этапы

Добрый день, хотела бы задать вопрос. Прочитала очень много статей, форумов, судебной практики по этой теме, но так и не поняла суть. Начну с ситуации, совсем в 2х словах ее не опишешь, иначе разговор будет не о чем. Мы организация подрядчик, с заказчиком подписан договор на проведение строительно-монтажных работ, в основном это прокладка электросетей в здании (2 этажа). К договору есть приложение в екселе, в нем есть перечень работ, обьем и стоимость всего работ на 9 млн. Ниже ключевые пункты и фразы.
Есть в договоре такие формулировки как:
Предмет договора:
Подрядчик обязуется выполнить строительно-монтажные работы по адресу:……
Согласно проектно-сметной документации, прилагаемой к настоящему договору и пожеланиям Заказчика, выраженным в письменной форме.
(ссылок на названия такой документации в абзаце нет). Но есть как я сказала ексель файл похожий на смету. Однако уже сейчас на стадии работ было сделано больше объёмов, о чем подготовили дополнительное соглашение к увеличению стоимости. Так как эта их смет похоже слишком приблизительная.
Стоимость и сроки выполнения работ:
Стоимость определяется сметой (приложение1). Смета является неотъемлемой частью договора
Сроки выполнения работ составляют 100 дней с момента начала работ на объекте и могут корректироваться по договоренности
Порядок передачи работ
Для финансирования работ, Заказчик не позднее трех раб. дней с момента подписания Договора оплачивает Подрядчику аванс платеж 20%
Расчет за выполненный этап работ производится после подписания акта выпиленных работ по форме №2
Окончательный расчет производится после подписания обеими сторонами акта приема-сдачи работ, не позднее двух дней после подписания акта.
Когда прочитала договор их, поняла, что с налоговым учетом могут возникнуть проблемы, предложила внести некоторые правки и пере подписать. Так как этот договор Заказчик просто копирует с договора генподрядчика и спускает всем своим типа нас другим организациям, выполняющим разные участки работы. Однако мы не крупная организация, у нас может это один объект в год получился и нам накопительный процесс НДС совершенно не нужен, я читала эти форумы, когда фирма говорит пока шла стройка были обороты, а теперь стройки нет у нас НДС огромный висит.
В целях чего я решила прописать прием работ этапами. Прочитала письмо Минфин, где говорится что при наличии инфо об этапах в договоре можно каждый этап оформлять как закрытую работу акт кс-2, кс-3 сф. Т.е. мы сразу как бы реализовали часть. Однако почитав судебную практику то и дело идут однотипные дела: суд не усмотрел в договоре с наличием графика приема и оплаты работ наличие этапов; суд не усмотрел названные в договоре этапом работы этапом как таковым, так как Заказчик по сути хотел получить выполнение полного объёма по смете; налоговая выиграла дело где подрядчик пытался поставить НДС к вычету по якобы сделанному этапу, но налоговая усмотрела что это лишь часть работы и тд.
Из этого я поняла, что чтобы ты не назвал этапом в договоре (тем более в нашем случае, когда в принципе, по площади всего здания выполняются одинаковые +- работы) суд и налоговая может посчитать просто фиксацией объёма для авансирования, как бы ты не исголился с формулировкой. Еще и заказчик, похоже вообще не в теме налоговых дел сказал, что нет там никаких этапов, у меня смета одна. Я ему говорю ну для вас и для нас удобней будет зачеты сразу делать по объёмам, а не ждать пока все работы выполнят, там может и нет этапов работа такая не строительство (проект, котлован, фундамент и тд) но так письмо Минфина звучит и разъяснения налоговой. Он говорит, как потом, когда с технадзором проверять будем, если чтото вылезет, а у меня акт подписан уже, я так не соглашусь.
Решила прописать не слово этапы, а комплекс работ, каждый такой комплекс оформляется своей сметой, проектом где указаны сроки, стоимость и объём. А по окончании закрывается кс-2, кс-3 сф на реализацию. Если вылезают любые дополнительные работы не учтенные, делается допсоглашение к договору, и отдельная смета на эти работы.
Т.е. я хотела привести все к форме, по которой налоговая не будет иметь претензий. Комплекс отработан оплачен, комплекс отработан и тд. Однако Заказчик, далекий вообще от налоговых дел, твердит что все такие договора делают и ни у кого проблем не не было. Хотя сам новую версию договора подписал, видимо не читая. Слово комплексы его тоже напугало, и комплексов там нет. Хотя что тогда этот кс за месяц например, это и есть комплекс работ в течение преиода.
В этом месяце Заказчик перевел нам предоплату 600т. по договору, я хотела привязать ее к выработанному обьему согласно моей мысли о комплексах, потом значит он до переведёт остаток (а выработали мы на 1400 за период с 01,01, по сегодня) и мы на 1400 подпишем кс-2, кс-3 сф на реализацию. Все бы получалось. Сделала акты, смету на конкретный проект.
Когда заказчик прочел акты, увидел там позиции, которые надо согласовать. И в процессе этого разговора вылезло то что он хочет оставаться в старой редакции договора. Что у него нет никаких комплексов работ, а только одна работа по всей смете идет, также что боится, что если все позакрывается по договору комплексами (этапами), то потом при приеме объекта с ростехнадзором мы можем сказать что уже все сдали а он принял, и все недачеты на нем останутся. А по его договору (выше пункты приводила в пример) вроде прием только в конце, когда будут выработаны все 9 млн. и проверка объекта городом.
Я ему поясняю, тогда как вы хотите сделать кс и сф на объём в 1400, если это будет просто аванс в вашем случае. А сам акт и сф на 9 млн реализации будет только по окончании всех работ. Он сказал, все так работают, сделали за период в месяц там, например, выработку, и закрылись актами, оплатили. И вы мне еще на аванс на 600т сф сделайте, а по кс на 1400 этот аванс потом вычтем.
Я ничего не поняла, тогда как быть мне с НДС и сф, как ему выставить это все, мне вот авансов висячих по полгода тоже не хочется, видела случаи что и по кс потом налоговая привязывалась, говоря у вас период стоит месяц в кс, вот и надо было выставить сф, так как если нет этапов, то база для прибыли и ндс там както расчетным путем высчитывается, похоже еще то веселье. Короче ничего не пойму, может все так и работают, но дел то судебных полно из-за вот таких работ. Получается, что ли картина, где мы закрываем кс-2 на какоето количество (у меня то был период прописан в проекте смете, а по его договору где это количество, сколько по времени, нигде не определено) без сф на реализацию, они оплачивают этот кс, и так до конца работ авансы им ставим, кс выписываем оплачивают, а под конец реализацию сф и авансы к вычету. Т.е. не ясно этот акт приемы выполненных работ он о чем вообще, если он хочет кс с счет фактурой закрывающие получить. И почему не лучше сделать по моему формату по комплексам, где все проще некуда, а его договор на мой вид примитивный какой-то. Может быть я не права. На практике с учетом налогового законодательства, поясните как в такой ситуации правильно делать, если кто сталкивался.
И мешает ли нам наличие какогото акта о приеме сдачи выполненых работ все таки иметь закрытые и оплаченые комлексы с полной реализацией