зарплата

На какой счет начислить зарплату, если выручки еще нет и сч.44 использовать не могу

А что, сч.44 используется только при наличии выручки?

т.к. 44 должен закрываться на 90 программа 1С не дает этого сделать

Вручную, программа 1С этого не сделает.