НДС и зачет в счет зарплаты

Будет ли реализацией, и соответственно, нужно ли начислять НДС от оказания услуг (сдача в аренду имущества) директору в счет выплаты его зарплаты?

По-моему корявая ситуация. Есть отдельный договор аренды и трудовые отношения. Мне кажется, что "взаимозачесть" их нельзя. НДС начисляете по своему методу, как с обычной услуги. Я бы все оформила отдельно, пусть бумаг больше. но зато правильно: директор рассчитывается с вами за услуги и вы ему выдаете зарплату полностью как начислили.

См. ст.137 ТК РФ. Там ограниченный список возможных удержаний из зарплаты. Так что не стОит.