НДС возмещение, если по акту приемки-передачи есть разногласия!

Здравствуйте, уважаемые форумяне! Подскажите, пожалуйста, что делать. Счет-фактура и акт выполненных работ подписан июлем на сумму 100 рублей, но с протоколом разногласий. Протокол разногласий будет подписан только декабрем, и в счете-фактуре должна быть сумма 98 рублей. Вопрос: 1. нужно исправить уже имеющуюся сч-фактуру
2. или выставить новую, если новую, то каким числом (июлем или декабрем) и на какую сумму (на полную, т.е. 98 рублей или на разницу -2 рубля)? При этом НДС возмещен июлем с суммы 98 рублей.