Подскажите.

Уважаемые эксперты! Нужна ваша помощь. Наш филиал ( в другом городе) арендует помещение у госкомимущества ( ему платим за аренду), а НДС они просят платить за госкомимущество сразу в ИФНС. Но ИФНС зачисляет платежи по нашему ИНН/КПП, а не по ИНН госкомимущество ( нельзя платить за других налоги). Декларацию по НДС мы подаем по месту нахождения головной организации, поэтому в другом городе висят деньги, но нет отчетности и налоговой это не нравится. Что делать?

Вам надо расписать как Вы учитываете аренду. Никаких остатков быть не должно. Вы либо зачитываете НДС либо списываете его в прибыль (если не являетесь плательщикаи НДС)

В декларации по НДС в разделе 1.2 вы указываете ИНН, КПП и ОКАТО департамента имущества (ведь в данном случае вы являетесь его налоговым агентом), и учитывать НДС в налоговой будут по этим данным.

Да, и еще в платежке вы так же указываете ОКАТО этого департамента и естественно статус - 02.