И снова НДС при выполнении функций заказчика

Мы МУП УКС, но можно сказать жестко посажены и зависим от бюджета. У нас только бюджетное финансирование. Учет ведем отдельно, т.е. все, что касается формирования стоимости объекта и его финансирования выделили в отдельный "Счет финансирования", где все как должно быть 08,60,86 и т.д. и свой баланс, но т.к. это целевое финансирование НДС здесь нигде не выделяем. После окончания строительства объект сдаем инвестору (бюджетная организация). Для ведения учета по собственному содержанию ведем отдельный учет, где свой баланс. Содержание заказчика рассчитывается % от выполнения и признается доходом по мере сдаваемых КС-3. Выручку удалось вывести из разряда дохода от реализации во внереализационные доходы, соответственно и расходы внереализационные. Налог на прибыль платим на общих основаниях. НДС до сего года не платили, как теперь правильнее сделать, объединить два баланса? Продолжать, как было, и начать платить как с вновь созданной организации? Подскажите, пожалуйста.