Взаимоотношешения между ООО и ГУП

ООО является Генподрядчиком, заказчик - ГУП . ООО нанимает субподрядчиков для выполнения работы .
Вопрос : Имеет ли право ООО зачесть НДС с выполенных работ с субподрядными организациями?

А почему нет? Или Вы ГУПу какие-то особые услуги, необлагаемые НДС, оказываете?

В договоре с ГУПом что? Унитарное предприятие такое же коммерческое предприятие как и ООО

Да хоть бы и не коммерческое, какая разница? Подрядчик осуществляет деятельность облагаемую НДС - берет к вычету предъявленные поставщиками суммы НДС, не облагаемую - не берет.