НДС по ремонту? Помогите!

У меня НП. Взяли в аренду помещение у росимущества. По договору аренды мы сделали ремонт подрядным способом. Оплатили подрядчику порядка 7 млн. руб (в т.ч. НДС). Все документы по ремонту находжятся на проверке в Центре по охране памятников - а это очень длительная процедура. После проверки мы эти работы продаем Росимуществу (т.к. это реализация), делаем зачет по аренде (у нас долг).
Подрядчику я платила на протяжении нескольких месяцев, но уплаченный НДС к вычету не ставила, т.к. не известно в какой сумме у нас примут ремонтные работы (может быть только процентов на 50). Остальнюю сумму за счет член.взносов (члены согласны, в смете предусмотренно).
Я правильно понимаю (мне и аудитор говорила) что к вычету поставлю НДС в момент реализации. А в книгу покупок я ведь тоже внесу в момент раелизации? А как дату ставить? Счет-фактура то намного раньше была принята мной.
Помогите разобраться. Являемся плательщиками НДС.