У нас было так же. Написали жалобу в вышестоящую налоговую решение отменить.
Пришел ответ потрясающий - т к подтверждающие доки до сих пор в ифнс не предоставлены, решение оставить в силе.
Копии приходных счетов-фактур были предоставлены туда вместе с жалобой, и оригиналы носились в отдел налогового аудита.

