Смотрите. На то экспертиза и назначается, на вопрос эксперта ставится вопрос о присутствии следов повреждения от именно Вашей машины, я не знаю как там технически, но имеено и выяснятся по цвету, по имеющимся у него и у вас повреждениям. Это может сделать и независимый эксперт. в данной экспертизе устанавливается срок давности приобретиения автомобилем данных повреждений и т.п.
Про паспорт Вам нужно написать жалобу в УФМС, где изложить суть, а также уточнить (казать), что паспорт вернули старый, а новый не делают, это существенное нарушение.
а еще помните, что тот кто первый написал жалобу тот и потерпевший, тот и прав!!!!!!!!!!!!!

