Поскольку на дату создания ООО у человека была основная работа, то принимать его на работу нужно было по совместительству. В ЕГРЮЛ, естественно, не отражается как работает директор, по основному месту или по совместительству. А уже после увольнения с основной работы в госструктуре оформлять по основному месту в ООО.
