Создайте Консорциум. В Положении о консорциуме определите компанию, которая от имени консорциума подает заявку на участиие в тендере. Кроме того, в заявке надо будет указывать, кто чем в консурциуме занимается и отсюда вытекают и предыдущие заслуги группы компаний.
Во всяком случае в конкурсах Роснано такое принимается, и в ФЦП Миннауки тоже (консорциум ВУЗа и частного предприятия). Суммы инновацоинных тендеров неплохие - до нескольких млрд. руб.

