Поступление товара - приходуете по контракту(или другим документам от ПОСТАВЩИКА) в той валюте, в какой в контракте прописано, на ту дату, какая предусмотрена условиями поставки по контракту. В карточке контрагента фиксируете валюту контракта и валюту платежа(она может отличаться).Программа сама разнесет как надо.Если все корректно сделали.
ГТД используете для провод по учету пошлин, платежей и сборов.Куда вы их относите -должно быть в вашей учетной политике, на себестоимость или еще как-то....
Как-то странно вы ведете учет - без контракта, без ПС.Вы знаете какие штрафы за нарушения валютного законодательства? Или ваш директор сам контролирует это процесс без вашего участия?

