Есть такое письмо ФНС от 16 июля 2013 г. № АС-4-2/12705 "О рекомендациях по проведению камеральных налоговых проверок". Стоит посмотреть его в действующей редакции; там прописаны формы и электронные форматы соответствующих требований и ответов на них. Ну и отправка такого ответа должна идти с описью документов по 465 приказу, через 12 документооборот. Никаких других указаний относительно электронного вида лично я пока так и не видел.

