Да где Вы видели обязанность заключать договоры? Нет её и быть не может. Кстати, в договоре аренды (ИП ведь арендуем помещение) что написано про сдачу арендуемого имущеста в субаренду? Нет ли там запрета?
Сдача в аренду недвижимого имущества под ЕНВД не попадает. По аренде будет ОСНО, если ИП на УСН не переходил.
Я не представляю, что можно написать в протоколе. Просто не представляю. У налоговой нет никаких доказательств ведения деятельности, не указанной в ОКВЭД. Они просто её выдумали что ли? ИП просто хотят внаглую развести на штраф на ровном месте.

