Согасно
http://wiki.egais.ru/wiki/%D0%9A%D0%...B2%D0%BD%D0%B5
Это "Проблема №5": Обособленное подразделение меняет КПП. Старое -КПП1, новое - КПП2.
Механизм решения: С КПП1 делается ТТН с датой, пока КПП1 находится в реестре, акт подтверждения делается с КПП2 с датой, когда оно появилось в реестре.
Меняли КПП магазина наверное в связи с изменением адреса? значит и переоформляли лицензию?, когда новая лицензия появится в реестре, то по старому КПП уже ничего нельзя будет делать в ЕГАИС(а в ответ на любые действия в ЕГАИС будет приходить квитанция: "Для организации 020000xxxxxx на 08.09.2017 нет действующей лицензии") и в таком случае необходимо письменно с официальным письмом обращаться в лицензирующий орган.