Срочно!!! Уточненный расчет по НДС, Оплата НДС

Подскажите пожалуйста, не знаю как правильно поступить.

В сентябре поступили документы с опозданием за июль. Сделала уточненную декларацию по НДС. Сумма получилась меньше, чем в основной декларации на 11 тыс. рублей. Но до 20 августа НДС уплачен не был, т.к. не было денег на р/с. Какую сумму мне теперь платить? По июльской декларации плюс пени за несвоевременный платеж, или же по уточненной и опять таки плюс пени. В НК не нашла ничего по этому поводу.
И еще. Насколько вероятна проверка ИФНС, ввиду того, что возникло возмещение из бюджета.

Платите верную сумму по уточненной декларации +пени. Как бог пошлет, но вообще они любят проверять

Спасибо Людмила! По логике вещей, так все же будет правильно, ведь я самостоятельно нашла "ошибку", а не налоговая меня прищучила. Следовательно платить нужно правильную сумму. Хотя НК по-моему логике не подчиняется. ;)