Нужен совет на тему: заказчик-застройщик и генподрядчик

Доброе время суток, уважаемые!
Помогите,пожалуйста, советом.
Ситуация такая:
Заказчик-застройщик заключил два договора с одной организацией (нас убедили, что это нормальная практика):
договор ген.подряда на строительство и договор тех.надзора за строительством.
Начали работу: платили по двум договорам с выделением НДС в платежках. Потом ген.подрядчик попросил перестать выделять НДС в платежках, заключив доп.соглашение к договору тех.надзора (!?) об аккумулировании у себя на счете срадств на строительство объекта.
Зная о том, что для возмещения НДС инвестору нужны счета-фактуры, копии платежек заказчика (в подтверждение уплаты НДС), мы попросили ген.подрядчика предоставить нам копии всех платежек и счетов-фактур, полученных от субчиков.
И вот тут начался ужас - я посмотрела на эти счета-фактуры и поняла, что зачесть немаленькую часть НДС по этим счетам-фактурам нельзя.
Теперь я в серъезных раздумьях: как разрулить ситуацию!
1.Ген.подрядчик (понимая в какой он ситуации) требует задним числом объединить эти договоры в один - договор на тех.надзор с правом выбора ген.подрядчика. Этого никто ему сделать не даст.
2.По причине невыделения НДС в платежках (и, думаю, не начисления НДС в бюджет у ген.подрядчика) счетов-фактур от ген.подрядчика я не дождусь. Вернее, не знаю какими средствами заставить их это сделать.
3.Объект сдают в конце июля (гос.комиссия) - надо поспешать.
Если у кого-то есть мысли, помогите,пожалуйста.

Даже если Вы не выделяли НДС в платежках, счет-фактуру на выполненные работы они должны дать, и на ген.подрядные работы и на тех. надзор. Почему Вы решили, что они их не дадут?

Они не начисляли НДС с полученных средств.
У них в этом и проблема: они получали все деньги от заказчика-застройщика и отправляли их по организациям. Эти организации должны бы были быть субподрядчиками, но они везде фигурируют как подрядчики, а мой ген.подрядчик выступает как заказчик. У него отсутствует схема ген.подрядчик-субподрядчик.
И если он мне сейчас выставляет счет-фактуру, то он должен начислить НДС в бюджет.
Я так понимаю.

Конечно должен. Фигурировать он может как угодно, но суть договора от этого не меняется, может называть себя хоть комиссионером, по договору он ген.подрядчик и никуда от этого не денешься, ему это объяснит любая проверка.