Возможно я не туда

Наша организация выполняет в основном субподрядные работы, как в свете главы НК 26.2 по УСН генподрядчики будут реагировать на выполнения без НДС при учете того, что цена будет уменьшена на 20%

Я бы реагировала нормально:)

т.е. на сколько я понял генподрядчик сверху на мои работы начисляет свой НДС и передает заказчику?

грубо говоря - да

Тут другой вопрос, если смета утверждена и работы начались выполняться до перкехода на УСН, то получается что часть работ с НДС, а часть нет. и как все расчитать в окончательном акте?

Сделать изменение к смете, в связи с вновь открывшимися обстоятельствами. Утвердить новую.

А НДС уплаченный поставщикам субподрядчик включит конечно в стоимость материалов и соответственно перепредъявит ГП. ;)
Нет уж как ГП я буду реагировать отрицательно, кроме случая, когда при прочих равных условиях цена субподряда у этого субчика меньше на 18 % например по отношению к конкурентам (про 18% - из справедливости 20% я уменьшаю на стоимость отвлечения дензнаков на уплату налога) ;)

А вообче надо конкретно смотреть по месту