пбу 2/2008 и НДС

Подскажите пожалуйста еще раз по поводу применения ПБУ 2/2008. Налоговая прислала письмо по поводу расхождений по суммам строк 010, исчисленных нарастающим итогом за 2011 года по декларациям НДС и строки 010 формы №2 за 2011 год.
Расхождение это возникло из-за применения ПБУ 2/2008.
И вот теперь меня одолевают сомнения, правильный ли у меня ход мыслей: НДС мы исчисляем только при полном выполнении работ, выставлении акта приема-передачи выполненных работ и соответственно в учете делаются проводки 62-90 и 90-68.
В бухгалтерском же учете доходы определяется ежеквартально способом по мере готовности и на конец квартала делается проводка по начислению условной выручки 46-90 (без НДС), условный НДС не начисляется - и вот по поводу этого НДС я стала сомневаться - а не надо ли его начислять...
Затем при выставлении акта выполненных работ и сдаче объекта заказчику делается проводка 90-46.
И в итоге получается расхождение деклараций и формы №2 именно на суммы, которые отражаются по счету 46. Так ведь и должно быть или все-таки надо начислять какой-то условный НДС и такого расхождения быть не должно?

Нормальное расхождение. Они сами накрутили нам 150 учетов, а потом у них контрольные точки не бьются. Пишите объяснительную, ничего страшного.

Спасибо, пишу. Вот только меня что-то вопрос про условный НДС не дает покоя - ведь не надо начислять его, да? В ПБУ ничего о нем не говорится, а полезла читать различные статьи и кое-где вижу, что его надо начислять, вот и засомневалась...

ПБУ - это бухгалтерский учет, к нему еще как-то подвязывается налог на прибыль, а НДС вообще никак не подвязывается. В результате в зависимости от применения/неприменения ПБУ имеем три выручки, бухгалтерскую, для НДС и для налога на прибыль....

Svetishe, спасибо за объяснения, уже не раз помогали мне советом. :)
Умом я уже тоже понимаю что получается у нас аж целых три учета, которые на самом деле никак не должны быть обязательно взаимосвязаны. Но сомнения одолели. Значит буду отписываться и вести учет дальше как раньше...