Договор подряда и командировка

Заключен договор подряда на 1 мес. Сотрудник ездил в командировку на 3 дня. Оплачивать ему командровку или нет? Если да, то как считать?

Это не "командировка". Вы можете ему возместить затраты, связанные с выполнением работ по договору.