после того,как найдете разрешение и выясните, есть ли у вас право в принципе получать средства от аренды на л/с, и если таки есть, то берете договор аренды, и с даты, которая там указана считаете, сколько вам должно быть перечислено за какой период, с даты начала договора, и сколько вам перечислено, делаете акт сверки, направляете его арендатору, он проверяет, подписывает со своей стороны
После этого проверяете- что у вас отражено в учете - но не по оплате- сколько он вам заплатил, а сколько реально должен был по договору, вносите исправления в учете, по договору, а не подгоняете по оплате, и счета здесь выписанные вообще ни при чем, как уже сказал БорисГ, счет при договоре аренды не является обязательным документом. Должен быть собственно сам договор и акт приема-передачи арендуемого имущества арендатору. Этих документов достаточно для отражения в учете. Документ- бухгалтерская справка. Счет-фактура-это документ налогового учета по НДС. Бухи делают там проводки скорее по привычке.

