Там вообще не нужен пересчет с новым вычетом: налог удержан излишне за период январь-февраль и подлежит возврату по совокупности.
Сумма исчислена верно и соответствующим образом отражена в 6НДФЛ еще за 1 кв 2016 г соответственно - по году.
Просто своевременно (в 2016 г) не возвращена.

