Проблема с освобождением от НДС

Если окажется, что он был на ОСНО, то облагается независимо от того, что там в договоре. Мы ж с тобой уже обсуждали как-то :o
И прахтику я приводил

Пусть укажет, что НДС в цене и переделает счет/фактуры.

Ага, а заодно всю остальную документацию.