При УСН 3-НДФЛ по предпринимательской деятельности не подается, вмесчто неё в ФНС представляется НД по УСН..
Сейчас подадите нулевую 3-НДФЛ и обязательные листы (см. Инструкцию по заполнению з-ДФЛ), а вот если у вас все-таки УСН, 3-НДФЛ подавать не нужно.

