Счет-фактуру можно выбросить в урну- за ненадобностью.
Стоимость покупки указана в накладной- вместе с налогом.
Так вот этой накладной и платежных документов вполне достаточно для потверждения ваших расходов.
Нет никаких причин для вас подтверждать ндс в составе цены или учитывать его отдельно.

