Если Вы в первом полугодии 2 раза уплатили взносы, то конечно дважды уменьшаете. Вас про это и спрашивают, платили ли Вы каждый квартал взносы.
У Вас совершенно неправильная декларация. Прежде всего, Вы не уменьшили строки 030-050 на уплаченные взносы. Вы же платили меньше на сумму взносов, а в начисления ставите сумму без уменьшения. Естественно будут пени, а как иначе?
Но без указания дат и сумм уплаты взносов, составить правильную декларацию мы не можем

