Tropicaliente,
1. Определяете для каждого сотрудника на дату выплаты выплачиваемую часть зарплаты за месяц. В пропорции к облагаемым начислениям это будет его доход.
2. На дату получения дохода (последний день месяца, за который выплачиваете зарплату) добавляете этот доход и применив положенные вычеты нарастающим итогом за год получаете налогооблагаемую базу.
3. Исчисляете НДФЛ нарастающим итогом на дату выплаты.
4. Вычитаете уже удержанный ранее НДФЛ, получаете НДФЛ к удержанию.
Пп. 2-4 можно упростить и просто брать пропорцию исчисленного за месяц налога к удержанию. Но в этом случае платить налог придётся раньше.

