Был договор, с условиями которого черт ногу сломает. В результате по акту сверки выявлено завышение прибыли прошлого года и соответственно завышение НДС к возмещению.

Но если подробно:
Наш Агент, выставил нам с/ф на сумму предоплаты. В которой четко обозначена сумма за агентское вознаграждение, Доп. услуги и ж/д тариф. Больше счет-фактур у нас небыло. У него есть л/сч. на ж/д на который он переводил ср-ва за доп.услуги и ж/д тариф.
По окончании месяца, нам приходили акты на выполненные услуги пример:

Москва-Краснодар 1 вагон 120руб с НДС. Прочитав договор, я поняла это как просто ж/д тариф, но не ожидала, что в эту сумму входят и доп. услуги и вознаграждение, в каждом месяце. Теперь нужно править, я думаю так:
Д76(60) К 91-1 120руб. (т.е. комиссионное)
Д 91-2 К 68НДС 20руб. (НДС к уплате и выставляю с/ф в 1 экземпляре).