да все правильно вам насчитывают, если вы выдали зарплату, то НДФЛ должны были перечислить в день ее выдачи, так что похоже вы на момент проверки задолженности по выплате зарплаты не имеете, НДФЛ с народа удержали и пользуетесь сами казенными средствами, а теперь спрашиваете за что штраф
