Помогите разобраться с НДС

[xelga]

Мы работаем по госконтракту. В апреле нам пришел аванс на 1 000 000. С этого месяца по сентябрь мы понесли затраты на 700 000. В октябре нами был подписан акт на 4 000 000 и затраты на 200 000 за октябрь. Я сдала корректирующие декларации за 2 кв. с отраженным авансом и частью затрат (на 30 06 06 их было 500 000). Уплатила Остаток НДС (1 000 000-500 000) в бюджет. Еще и пени перечислила. А вот по 3 кв. получается, что есть т. НДС к возмещению. И, я правильно поняла из форума, что мне этот НДС в 3 кв. снимут?
И еще, допустим, в 1м периоде есть и НДС к начислению и НДС к вычету. Ндс к вычету больше, чем к начислению. Во втором периоде наоборот - НДС к начислению больше. В декларациях я не увидела, чтобы где-то учитывется переходящее сальдо. Получается, что в каждом периоде, как с чистого листа? Или я недопоняла?
А пени учитываются при расчетах по налогу на прибыль?
Извините, если вопросы покажутся примитивными, я совсем недавно столкнулась с НДС, т.к. работаю в нко, где НДС нет.

[Na28ta]

Расчет НДС - как с чистого листа, но платить во 2 квартале Вы будете не ту сумму, которая в декларации, а ту, которая получается накопительно, то в данном случае, та которая к уплате за 2 квартал "-" НДС к уменьшению за 1 квартал. Тоже касается и НДС за 3 квартал. Уточненку вы должны сдать не только по НДС, но и по налогу на прибыль, поэтому и пени тоже должны начислить, если по уточненке налог на прибыль больше, чем в первичном отчете.