Рылся тут, копался и кое что нарыл:
Было такое Постановление Конституционного Суда РФ от 20.02.2001 N 3-П, которое гласит: суммы, предъявленные покупателю при расчетах путем взаимозачета, считаются уплаченными и подлежат вычету на общих основаниях. Плюс к этому: п. 2 ст. 172 НК РФ предусматривает, что при расчете собственным имуществом (в том числе векселем третьего лица) вычету подлежат суммы налога, которые были фактически уплачены поставщику. Таким образом, в данной ситуации если не перечислил деньги-могут отказать в вычете. Но загвоздка в том, что здесь идет речь об имуществе. Взаимозачет - обмен правами требования встречного исполнения, т.е. ожидаемого встречного исполнения обязательств по договору. В итоге: если при проведении взаимозачета сумма НДС не будет перечислена отдельным платежным поручением, никаких негативных последствий не будет, т.к. НДС уже был принят к вычету и на момент его принятия стороны не предполагали проведение взаимозачета.

Вопрос конечно спорный. Арбитраж покажет. Хотя вроде бы и постановление КС РФ есть. Думайте сами, решайте сами.
Можно, кстати, посмотреть еще одно Постановление КС РФ от 08.04.2004 № 169-О. Там все против нас.
