Тема: Отнесение отпускных в затраты

Получается, что выручки при общем режиме нет, одни расходы, что же, они берутся к возмещению полностью и составляя декларацию за 4 кв.06 по НДС к возмещению будет предъявлена сумма НДС по всем произведенным СМР,купленным материалам?

Да, ибо ведется раздельный учет, см. ст.170 НК РФ.

Статья 170. Порядок отнесения сумм налога на затраты по производству и реализации товаров (работ, услуг)

4. Суммы налога, предъявленные продавцами товаров (работ, услуг), имущественных прав налогоплательщикам, осуществляющим как облагаемые налогом, так и освобождаемые от налогообложения операции:
учитываются в стоимости таких товаров (работ, услуг), имущественных прав в соответствии с пунктом 2 настоящей статьи - по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, используемым для осуществления операций, не облагаемых налогом на добавленную стоимость;
принимаются к вычету в соответствии со статьей 172 настоящего Кодекса - по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, используемым для осуществления операций, облагаемых налогом на добавленную стоимость;
(в ред. Федерального закона от 22.07.2005 N 119-ФЗ)
принимаются к вычету либо учитываются в их стоимости в той пропорции, в которой они используются для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения), - по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, используемым для осуществления как облагаемых налогом, так и не подлежащих налогообложению (освобожденных от налогообложения) операций, в порядке, установленном принятой налогоплательщиком учетной политикой для целей налогообложения.
Указанная пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения), в общей стоимости товаров (работ, услуг), имущественных прав, отгруженных за налоговый период.
В аналогичном порядке ведется раздельный учет сумм налога налогоплательщиками, переведенными на уплату единого налога на вмененный доход для определенных видов деятельности.