ошибка скорее всего была "опиской". Такое бывает у всех и это не показатель качества работы фирмы. Кроме того, документы заполняют живые люди, часто студенты, бывает - ошибаются.
Что касается бухгалтерии - там бывает еще больше ошибок, описок и так далее. Кроме того, в отличие от регистрации, в бухучете есть очень много разных вариантов учета одного и того же, так что мнения разных бухгалтеров могут не совпадать, а уж бухгалтера и налоговой - так вообще почти никогда
Единственное, я бы попросила Вас уточнить у организации, не ведет ли бухучет вам тот же человек, что и регистрирует. Фирма, которая ведет бухучет, должна иметь отдельное для этого подразделение с грамотными специалистами, а не тех же студентов, которые только и умеют, что кропать нулевые балансы.