"Заполнять штатную единицу не нужно", если она Вам не мешает, пусть болтается. При приеме новых сотрудников, если они занимают свободную должность в штатном расписании, то ничего писать не нужно, а если такой единицы нет, то вполне достаточно сделать приказ "ввести новую должность(отдел) в штатное расписание". У меня, например менеджеров всегда штук десять, "про запас".
