А какая разница? Сумма будет одна и та же?
Одно нарушение - не использование отпуска у вас уже есть. Не выплатите компенсацию за все отпуска будет еще одно. Вдруг она в трудовую пожалуется?
Хотя, может и лучше оформить так, как вы предлагаете: предоставить отпуск за 2004-2005 годы с последующим увольнением. А то вдруг налоговая сочтет, что раз отпуск не был пердоставлен в нарушение законодательства, то суммы его компенсации учесть нельзя (я, правда, так не считаю, но кто знает, что им в голову взбредет

)