После того как Вам будет вручен акт проверки в течении 15 раб. дней Вы имеете право представить в налоговый орган свои возражения. Если налоговым органом в результате рассмотрения акта, материалов и Ваших возражений будет принято решение о привлечении к налоговой ответственности - подадите исковое заявление в арбитражный суд с формулировкой признать Решение о привлечении к налоговой ответственности незаконным (или частично не законным - если с чем
то в решении будете согласны). Согласно ст. 88 НК РФ внесение нелоговлптельщиком изменений (уточнений) в налоговую декларацию после того как о нарушении стало известно налоговому органу, после того как вручено требование о представлении документов на выездную налоговую проверку, а тем более после того как такая проверка фактически началась - не освобождает налогоплательщика от ответственности установленной ст. 122 НК -20% штраф за неуплату (не полную уплату) налога в результате занижения налоговой базы или иного неправильного исчисления налога.Таким образом в Вашей ситуации подавать уточненку поздно и бесполезно.