В договоре аренды указаны 2 собственника квартиры (физ.лица).
Мы перечислили им арендную плату и удержали НДФЛ.
НДФЛ равными долями перечислили за каждого из собственников.
Выяснилось, что они владеют квартирой не в равных долях.
Как быть с НДФЛ? Получается, что по одному собственнику переплата налога а по другому недоплата?


Вы и есть налоговый агент при перечислении НДФЛ, удержанного у налогоплательщика