на расчетный счет перечисленна сумма

[N_lawyer]

Нашей организации на расчетный счет перечислили сумму, якобы в счет погашения задолженности нашего должника. В назначении платежа указали:

1) в одной платежке - за товар по счету такому-то;
2) во второй - по договору перевода долга (в данном случае только в судебном порядке такое возможно, это уже правопреемство. договора мы в глаза не видели) за организацию такую-то.

в отношении должника мы пытаемся инициировать процедуру банкротства и не хотим засчитывать перечисленные суммы в счет погашения задолженности. Как теперь поступить с этими деньгами?

[BorisG]

... не хотим засчитывать перечисленные суммы в счет погашения задолженности.

Не получится.

... Как теперь поступить с этими деньгами?

Зачесть в счет погашения задолженности.

[sema]

якобы в счет погашения задолженности нашего должника. В назначении платежа указали:

313 ГК

во второй - по договору перевода долга (в данном случае только в судебном порядке такое возможно, это уже правопреемство. договора мы в глаза не видели) за организацию такую-то.

если вы кредитор то должны были спросить ваше согласие. договор могли вам и не показывать.

[BorisG]

если вы кредитор то должны были спросить ...

В данном случае имеет место погашение долга, а не его перевод, посему следует применять ст. 313 ГК, а не 391.
Ну а формулировка в назначении платежа... дело десятое.

[N_lawyer]

должник, на самом деле, является ФГУП ".........Министерства обороны РФ" и заплатил за него такой же ФГУП... насколько мне известно, таким предприятиям ежегодно "спускаются" бюджетные средства с установленным лимитом, за расходование которых они отчитываются.. получается что фгуп, уплатившее за нашего должника неправомерно расходует бюджетные средства?

[BorisG]

должник, на самом деле, является ФГУП

Ни о чем. ОПФ должника и третьего лица никак не влияет на аши действия.

получается что фгуп, уплатившее за нашего должника неправомерно расходует бюджетные средства?

Нет, не получается.
Во-первых, не надо путать ФГУП и ФГУ, ФГУП, в отличие от ФГУ, коммерческое предприятие, со всеми вытекающими из этого факта последствиями.
И во-вторых, для такого вывода у Вас просто нет оснований. Например, у вышестоящего распорядителя могли быть основания для доведения лимитов на покрытие долга второму ФГУПу. Так что тоже ни о чем.

Но, самое главное, ни в одном из вариантов у Вас нет оснований отказаться от поступивший средств.

ps: И если это дейтствительно ФГУП МО, не очень понятно, какие надежды Вы возлагаете на процедуру банкротства?