Здравствуйте!
Директор нашего ООО (магазин) давно зарегистрирован как ИП - у него продуктовый ларёк. Не видя разници он заключает договры с поставщиками от имени ИП, а продукция идёт и на ИП и на ООО.
Все накладные, чеки, акты сверок на имя ИП. А деньги для оплаты он берёт из ООО.

Вопрос такой: как документально оформить оплату от ООО?

Просто через неделю банковская проверка - а документов, подтверждающих оплату для ООО - нет.