Можно ли так работать?

[SanInvest]

Желаем воспользоваться услугами организации. Однако, смущает постановка вопроса:

Безналичный расчет
Процедура пополнения выглядит следующим образом:

- Вы скачиваете с этой страницы Договор-оферту и реквизиты ООО "Контора Системс"
- оплачиваете необходимую сумму по Договору, без выставления счёта
- в назначении платежа Вы указываете "Оплата услуг Системы KontoraPult, ID= (ваш ID в Системе), НДС не облагается"

Ваш аккаунт пополняется в тот же день, когда средства приходят на наш расчетный счет. Обращаем Ваше внимание на то, что ООО "Контора Системс" работает по упрощенной схеме налогообложения, т.е. НДС в сумму платежа не включается и счета-фактуры не оформляются.

За начисление средств безналичным расчетом удерживается комиссия в размере 3% от суммы платежа (это обусловлено прежде всего 5-процентной комиссией за безналичные платежи, взимаемой Sape.ru).

Настоящий договор является публичной офертой и не требует подписания в соответствии со ст. 426 ГК РФ. Соглашение публичной оферты имеет такую же юридическую силу как обыкновенный договор, подписанный на бумаге в соответствии со ст. 435-442 ГК РФ.
С Вашей стороны принятием условий Договора-оферты будет пополнение Вашего Лицевого счета (по реквизитам, прикрепленным на этой странице).
Счета по Договору НЕ ВЫСТАВЛЯЮТСЯ.

То есть:
договора нет, счета нет, счета-фактуры не оформляются.
А как же мы сможем подтвердить расходы, если в налоговой возникнут вопросы?

[Egregor]

счета нет, счета-фактуры не оформляются.

Выставление счета не является обязательным, СЧФ они и не должны выставлять

А как же мы сможем подтвердить расходы, если в налоговой возникнут вопросы?

А в оферте что-нибудь написано про какие-нибудь акты? Запросите их для себя, этого будет достаточно.

[stas®]

это обусловлено прежде всего 5-процентной комиссией за безналичные платежи, взимаемой Sape.ru

То есть расчетного счета у них тоже нет. Нету там никакого ООО, похоже.