Тема: один учредитель вышел из состава ООО, Что делать?

Достаточно его заявления о выходе с печатью и подписью, а также протокола учредителей его организации для выхода из ООО

Заявления достаточно. По поводу протокола: нужно смотреть в уставе ЗАО к чьей компетенции относится принятие решения о прекращении участия в других организациях и не является ли отчуждение доли для ЗАО крупной сделкой.

При перерегистрации ООO нужна ли оценка бизнеса при добровольном выходе участника, когда его доля остается в Обществе?

Таких требований нет. При выходе и отчуждении доли обществу нотариус не требуется.

По измененному ФЗ об ООО (см. п. 6.1 ст.23): общество обязано выплатить участнику общества, подавшему заявление о выходе из общества, действительную стоимость его доли в уставном капитале общества, определяемую на основании данных бухгалтерской отчетности общества за последний отчетный период, предшествующий дню подачи заявления о выходе из общества, или с согласия этого участника общества выдать ему в натуре имущество такой же стоимости либо в случае неполной оплаты им доли в уставном капитале общества действительную стоимость оплаченной части доли.
Общество обязано выплатить участнику общества действительную стоимость его доли или части доли в уставном капитале общества либо выдать ему в натуре имущество такой же стоимости в течение трех месяцев со дня возникновения соответствующей обязанности, если иной срок или порядок выплаты действительной стоимости доли или части доли не предусмотрен уставом общества.

а каким конкретно стоит считать отчетный период - это может быть квартал, полугодие, год?

Да, может быть и квартал, и полугодие, и год.