Увы, это тупость 1С.

Сумму затрат Вам делить не надо. Вам надо зайти в документы общего назначения, сделать бух. справку, проводки типа 44\19.3. А в 19.3 выбрать из входящих документов именно тот, который Вам нужен - по входящим расходам, например, документ общего назначения- если Вы так аренду заносите. И вручную внести сумму, которая не пойдет на возмещение по этому документу. Затем заполнить налоговый учет в документе, и проконтролировать, как заполнится книга покупок. Вероятнее всего, там тоже придется править вручную - скорее всего, программа возьмет весь НДС по фактуре к зачету, невзирая на справку. Я делала именно так, и другого пути в стандартной версии не знаю.

Кстати, там еще копья ломались, куда этот НДС относить, в свое время, но я сейчас не в курсе, чем дело закончилось.